ある日、トーティスの村に住むクレス・アルベインは、親友
チェスター・バークライトと一緒に村の南にある森へ狩りに行く。ところが、猪を仕留めた時に村で異変が起きていた。危急を告げる半鐘の音を聞いて帰って来たクレスとチェスターの目に映ったのは壊滅した村と何者かによって虐殺された村人達であり、瀕死のクレスの両親と事切れたチェスターの妹アミィ・バークライトの姿だった。そして2人は、村が襲われた原因が、クレスがかつて父親から誕生日のプレゼントとして貰ったペンダントにある事を知る。クレスとチェスターは2人で両親と村人達の仇を取ることを誓い、クレスはペンダントを手に、村人たちを埋葬するチェスターと一度別れ、父の遺言に従ってユークリッドの都に住む叔父の下へ身を寄せ、村を襲った連中の手掛かりを探す。しかし、逆に彼等に捕まってしまい、黒鎧騎士の隊長であるマルス・ウルドールにペンダントを奪われる。装備を奪われ地下牢に入れられたクレスは、同じように地下牢に囚われていた法術師の少女ミント・アドネードの母親であるメリル・アドネードの声に導かれ、彼女の形見のイヤリングの力を借りて牢を脱出し、ミントを救出。2人で地下牢から何とか脱出するも、魔物に不意をつかれたクレスがその毒を浴びてしまう。一方、村を襲ったマルス・ウルドールは奪ったペンダントを使って、地下墓地である儀式を行おうとしていた。クレスとメリルのペンダントは、伝説の魔王ダオスの封印を解く為に必要な物だったのだ。クレス達を助けてくれた、それぞれの両親の知人であるトリニクス・D・モリスンは、その事情を告げると単身地下墓地へ向かってしまう。マルスの企みを阻止しようと、モリスンの家で合流したチェスターを加えて地下墓地へ向かうクレス達だったが、間に合わず、ダオスは復活してしまった。復活したダオスはクレス達を殺そうとするが、チェスターが捨て身でダオスの詠唱を止め、間一髪でクレスとミントはトリニクスの法術で過去へ飛ばされる。 過去の世界で目覚めたクレスとミントは、転移直前に渡されたモリスンの本を頼りにダオスを倒すための旅に出る。まずユークリッド村に住む召喚術の研究者クラース・F・レスターを仲間に加え、彼の助力を得るため、風の精霊・シルフとの契約に挑戦するべくローンヴァレイへ向かう。ローンヴァレイに住む気象学者バートから契約の指輪をもらい、谷に入ったかもしれないという娘の捜索を頼まれた3人は、瘴気に侵された谷を元に戻し、シルフとの契約を果たして少女の不在を確かめた後、シルフの言葉に従い、
精霊の森で世界樹ユグドラシルに宿る精霊・マーテルと話す。マナ枯渇の危機を訴えたマーテルの言葉に、自分たちの時代で枯れかけた大木を見たことを思い出すクレス。しかし、今は何も打つ手がないため、一行は新たな契約の指輪を求めてアルヴァニスタ王国へ向かう。しかし、その途中立ち寄ったハーメルの町は何者かの襲撃で壊滅しており、3人は唯一の生存者でリア・スカーレットと名乗る少女から事情を聞く。リアは襲撃者がデミテルという魔術師であること、彼がベネツィアの方へ去っていったことを告げ、クレスとミントは彼女を自分達と重ねて敵を討つことを決める。リアを加えてたどり着いたベネツィアで、デミテルが西の孤島に館を構えていることを突き止めた一行は、そこに乗り込みデミテルを討つ。その直後、リアの様子が急変。実はリアは既に死者であり、バートの娘で行方不明だったハーフエルフのアーチェ・クラインが彼女を憑依させていたのだった。父に事情を話したアーチェが強引に同行を申し出、アルヴァニスタへ向かう連絡船に乗った一行は、船の中で「アルヴァニスタの王子が魔族に操られているために、開戦を前にして同盟者であるミッドガルズのために動けない」という不穏な噂があることを知る。そして入国後、ある計画を練り、王子を魔族から解放した一行は、王から「モーリア坑道の探索許可証」を発行してもらい、各地にいる精霊・ウンディーネ、ノーム、イフリートと契約し、モーリア坑道にいる精霊・マクスウェルとの契約にも成功。その後、王宮魔術師であるルーングロムの紹介状を手に、ヴァルハラ戦役のため各地を放浪している、この時代のモリスン家の者であるエドワード・D・モリスンと出会う。そして、モーリア坑道で見つけた指輪を、エルフの長・ブラムバルド・ミレネーの協力を得て、里の奥にあるトレントの森で修復した一行は、クラースの念願だった月の精霊・ルナとの契約にも成功し、ヴァルハラ平原の南にあるミッドガルズで、自分たちが関わったことで歴史が変わり、志半ばで倒れたエドワードの代わりにヴァルハラ戦役に加わり、ダオス城へ乗り込んだ。しかしダオスを追い詰めたところで、時間転移で未来へ逃げられてしまったため、一行は現代に戻るための術を探すことに。ルーングロムから渡された鍵を使い、エドワードの研究室を調べた一行は、ベネツィアの沖合いに沈むという超古代都市トールのシステムを使えばクレス達の時代へ戻れるのではという結論に達する。
だが一つ問題があった。クレス達の時代へ渡っても、ユグドラシルが枯れていればマナを必要とする召喚術や魔術は使えないのだ。そしてミントは、法術師の象徴・ユニコーンの力を借りてユグドラシルをよみがえらせることを思いつく。「ユニコーンは白樺の森に住み、清き乙女にしか会わない」という情報を得た一行は、ダオス城の近くにある白樺の森へ向かった。無事にユニコーンと出会えたミントだが、説得中に魔物が現れ、ユニコーンを襲う。危機に気づいて合流したクレス達によって魔物は倒されたが、ユニコーンは息絶える寸前だった。しかし、ミントの心に打たれたユニコーンはその角に自分の力を込め、杖としてミントに授ける。ユグドラシルをよみがえらせる術を得た一行は一旦精霊の森へ戻り、ユグドラシルに回復法術をかけた後、ベネツィア沖からウンディーネの力を借りて海底のトールへ向かい、マザーコンピュータを再起動させて都市を海面に浮上させる。そして「タイムワープ」というシステムを使ってクレス達の時代へ渡り、クレスとミントが過去へ飛ばされた直後の地下墓地にてダオスとの戦闘に突入した。ところがダオスを倒した時、突如地下墓地が崩壊し始め、ギリギリのところで脱出した一同は隕石が地下墓地に降りそそぐのを目撃。その後、未来からの使者・ハリソンと出会う。ハリソンは「ダオスが50年後の未来で生きている」ことを一同に伝え、チェスターを仲間に加えた一行は浮上したトールのシステムを利用して未来へ渡る。
ハリソンに導かれ、アルヴァニスタへ向かうためベネツィアまでやってきた一行だが、海上は既にダオスの勢力下にあり、連絡船が使えないと知らされる。そして、あることを思いついたハリソンによって一旦ユークリッドに戻り、この時代では既に滅んでいるミッドガルズの遺産「魔科学」を研究する国営の研究所へ。
そこで飛行機械「レアバード」の存在を知るも、研究者・スタンリーに「アルヴァニスタまで行けるほどの能力はない」と言われ、強化のために雷の精霊・ヴォルトを探してきて欲しいと頼まれる。スタンリーから契約の指輪を受け取った一行は、モリスン邸の裏手にある洞窟へ向かい、ヴォルトと契約を果たす。ユークリッドへ戻った一行はヴォルトの力でレアバードとアーチェの箒を強化し、一路アルヴァニスタへ。そこでルーングロムと再会した一行は、彼とアルヴァニスタ王から「時間を操る魔剣」の存在を知らされ、魔術研究室で魔剣に必要な「三種の武具」の話を聞く。既に持っているダイヤモンドの指輪の他、かつてトールと並ぶ超古代都市があったフリーズキールの町と炎の塔、そこにはそれぞれ氷の剣と炎の剣が眠っているという情報を得た一行はそれらを集め、融合させるために再びエルフの里の奥にあるトレントの森を目指す。過去で指輪を修復した場所に着いた一行は精霊の王・オリジンとの戦闘を経て時間を操る魔剣「エターナルソード」を手に入れ、オリジンとも契約した。その後、アルヴァニスタの調査隊が闇に包まれた町・アーリィの鉱山跡で宙に浮くダオス城を目撃したという情報から、一行はアーリィを目指す。しかし、時間の狭間にあるダオス城へは普通の方法では入れない。エターナルソードの力で時間の狭間から引き出した城へ乗り込んだ一行は、最上階でまみえたダオスから彼の素性と目的を知らされるが、彼が復活する過程で亡くなった人たちのため最終決戦に挑む。
ダオスを倒し世界に平和を取り戻した一行は、世界樹にミントの法術をかけ、マナの流出を抑制した後、エターナルソードの力でそれぞれの時代に戻っていった。そして時が過ぎ、世界樹から「大いなる実り」が生まれた時、マーテルはそれにダオスの亡骸を乗せ、デリス・カーラーンへ送り出したのだった。